104 papers
Systeembiologie kijkt niet naar losse onderdelen van het leven, maar naar hoe al die delen samenwerken als één groot, dynamisch geheel. In plaats van alleen genen of eiwitten te bestuderen, proberen onderzoekers in dit veld de complexe netwerken te begrijpen die cellen en organismen in stand houden. Het is de kunst om het grote plaatje te zien, waar duizenden interacties samenwerken om leven mogelijk te maken.
Op Gist.Science volgen we nauwgezet elke nieuwe preprint op bioRxiv binnen deze discipline. Wij verwerken elk onderzoek direct na publicatie en bieden zowel een toegankelijke samenvatting in gewone taal als een gedetailleerde technische analyse, zodat zowel leken als experts de inzichten kunnen benutten. Hieronder vindt u de meest recente bijdragen aan dit snel evoluerende veld, direct van bioRxiv en nu voor u uitgelicht.
Deze studie gebruikt multi-omics-analyse van menselijke nierbiopsies om te onthullen dat dysregulatie van het complementstelsel, aangedreven door factor D, leidt tot veranderingen in podocyten en pariëtale epitheelcellen die de progressie van focale segmentale glomerulosclerose (FSGS) en fibrose sturen.
De auteurs presenteren een veelzijdige fotolithografische methode met commercieel beschikbare reagentia om oppervlakken binnen verzegelde microfluidische kanalen te patroneren, waardoor diverse cargo's zoals DNA, eiwitten en goudnanodeeltjes op glas en PDMS kunnen worden aangebracht voor toepassingen zoals lokale detectie en genexpressie.
Dit artikel introduceert een geavanceerd cel-trackingalgoritme dat open multi-agent systemen en een uitgebreide Kalman-filter combineert om de dynamiek en interacties van heterogene celpopulaties, zoals osteosarcoma en mesenchymale stromale cellen, nauwkeurig te modelleren en te volgen.
Dit onderzoek toont aan dat bij coeliakie enterocyten een nieuwe identiteit aannemen door overlappende morfogene velden en metaplasie, wat leidt tot een verstoorde ruimtelijke organisatie en malabsorptie.
Dit artikel presenteert een agent-based model in NetLogo dat de dynamiek van actinepolymerisatie succesvol nabootst, inclusief emergente patronen zoals globaal treadmilling en competitie tussen nucleatie en elongatie, door te simuleren hoe interacties tussen monomeren leiden tot de drie fasen van het proces.
Deze studie introduceert een computergestuurde deconvolutiemethode die bulk-proteomics-data van gist combineert met een populatiemodel om de celcyclus-afhankelijke dynamiek van duizenden eiwitten op te lossen, waardoor 563 eiwitten met specifieke fluctuaties werden geïdentificeerd en het inzicht in metabole variatie tijdens de celcyclus wordt uitgebreid.